雖然Windows Embedded照理說可以執行所有的Windows程式，但是Windows Embedded還是有些設計跟一般的Windows不一樣，以下表格紀錄有遇到不相容的軟體。

KanColle Viewer

測試版本：Windows Embedded Standard 7
測試時間：2015年
狀況：主畫面出得來，但是所有的插件——包含內建插件像是航海資料在DLL載入階段就掛了。

Open Broadcaster Software / OBS-Studio

測試版本：Windows Embedded Standard 7
測試時間：2016年8月
狀況：可以正常實況畫面，但是如果實況來源是「視訊裝置」，設定裝置參數的時候會當機。如果是擷取卡更麻煩，因為擷取卡都必須設定解析度……

Broadcom CrystalHD 解碼器

測試版本：Windows Embedded POSREADY 2009
測試時間：2016年10月
狀況：所有動作都正常，但是啟用fbwfmgr後，無法送訊號進去解碼卡，播放影片開始後馬上就結束，沒有輸出的pin info。關閉fbwfmgr一切正常。

SoftEther VPN Client

測試版本：Windows Embedded POSREADY 2009
測試時間：2016年10月
狀況：所有動作都正常，但是啟動fbwfmgr的時候，只要透過VPN傳輸一定資料（大概5G左右），整個Windows就會當機，不確定關掉fbwfmgr之後會不會正常。

Intel WiDi Software

測試版本：Windows Server 2008 R2
測試時間：2015年
狀況：安裝會被擋，強制安裝後還是不能用。